با این حال، حوادث سالهایی که پاپ رهبری کاتولیک‌های جهان را به عهده داشت باعث شد کاتولیک‌ها در سالهای بعد این رؤیاهایشان را بر باد رفته ببینند.

از جمله بزرگترین رسوایی‌هایی که بر دوره زمامداری پاپ سایه افکند، خبرهای جنجالی‌ای بود که از گوشه و کنار اروپا درباره سوء استفاده جنسی کشیشان از کودکان به گوش می‌رسید. پاپ در ایرلند دستور انجام تحقیقات رسمی در ارتباط با این موضوع را صادر کرد که به استعفای چند کشیش منجر شد. روابط واتیکان با ایرلندی که زمانی کاتولیک بود در زمان رهبری پاپ تا آنجا افول کرد که در سال 2011 این کشور سفارت خود در واتیکان را تعطیل کرد.

«پاپ» در تلاش برای کاستن از حجم انتقاداتی که گاه و بیگاه سرازیر «سریر مقدس» می‌شدند به دیدار قربانیان این حادثه رفت، اما قربانیان خواستار آن شدند که خود پاپ روانه دادگاه جنایی بین‌الملل شود تا درباره جرائم احتمالی او هم در لاپوشانی این پرونده تحقیق شود.

رهبر کاتولیکهای جهان در پاسخ به انتقاداتی که او را به دست داشتن در رسوایی‌های سوءاستفاده جنسی متهم می‌کردند همواره می‌گفت او مقصر جرائمی نیست که دیگران مرتکب می‌شوند، اما شاید بخت هم با او یار نبود که «جرائم» گام به گام به او نزدیک‌تر می‌شدند. رسوایی «واتیلیکس» در مه 2012 رخداد دیگری بود که خواب آشفته پاپ را بیش از پیش به هم ریخت.

واتیلیکس از آنجا آغاز شد که در ژانویه 2012 یک برنامه تلویزیونی در ایتالیا و پس از آن روزنامه نگاری به نام «جیان‌لوجی نازی» از مواردی که به ادعای آنها «فساد در واتیکان» بود پرده برداشتند. اوج این پرونده در مه 2012 بود که «نازی» کتابی تند علیه پاپ با عنوان «اعلی حضرت: اسناد محرمانه بندیک شانزدهم» منتشر کرد.

کتاب اعلی حضرت تلاش کرده بود پاپ را فردی آلوده به رذائلی تصویر کند که اسقف اعظم سریر مقدس به حسب قاعده باید از آنها عاری باشد: حسادت، توطئه‌چینی، رشوه و ثروت‌اندوزی غیرقانونی بخشی از اتهاماتی بود که این کتاب بر اساس آنها تلاش کرده بود روی دیگری از چهره معنوی پاپ به نمایش بگذارد.

انتقادات از پاپ، اما، تنها، به محافظه‌کاران مذهبی محدود نمی‌شد؛ لیبرال‌ها هم او را به اخلال در مسیر اصلاحگری و مانع‌تراشی برای پیشرفت در گفتمان‌های بین‌مذهبی با مسلمانان، یهودی‌ها و سایر شاخه‌های مسیحیت متهم می‌کردند.

این انتقادات البته ریشه در برخی جنجال‌هایی داشتند که اقدامات یا اظهارات پاپ ایجاد کرده بود.

او در یک سخنرانی در سال 2006 در دانشگاه «روزنبرگ آلمان»، یعنی همان دانشگاهی که مدرکش در دکتری الهیات را از آنجا گرفته بود، دین اسلام را عامل شر در جهان دانست که با شمشیر تبلیغ شده است. این اظهارات پاپ انتقادات بسیار وسیع و گسترده‌ای در سرتاسر جهان به همراه داشت.

در سال 2007 هم پاپ انتقاد فرقه‌های مسیحی را برانگیخته بود. او که پیشتر تلاش می کرد خودش را فردی معتقد به دیدگاه وحدت مسیحیان نشان دهد، در این سال سندی را امضا کرد که فرقه‌های دیگر مسیحیت را کلیساهای راستین طرفدار مسیحیت نمی‌دانست.

رابطه پاپ با یهودی‌ها، البته با فراز و فرودهایی همراه بود.

یهودی‌ها یک بار هنگامی که پاپ تصمیم گرفت محدودیت‌ها برای مراسم برگزاری «عشای ربانی لاتین» را رفع کند، از او آزرده شدند. در بخش‌هایی از نیایش‌های این مراسم از یهودی‌ها خواسته می‌شود از تاریکی بیرون آمده و کاتولیک شوند.

تنش دیگر با یهودی‌ها در سال 2009 پیش آمد که پاپ بندیکت شانزدهم به مناسبت پنجاهمین سالگرد درگذشت «پاپ پیوس دوازدهم» ـ پاپی که یهودی‌ها او را به سکوت در برابر نسل‌کشی یهودیان متهم می‌کنند ـ تقدیس کرد.

با این حال در سال 2011 بود که او توانست مجدداً دل یهودی‌ها را به دست آورد. در این سال پاپ گفت شخصاً یهودی‌ها را از ادعاهایی که آنها را در کشتار حضرت عیسی (ع) مقصر می‌دانند، تبرئه می‌کند.

حوادث این سالها دوران پرمشقتی را برای یکی از مسن‌ترین پاپ‌های کلیسای کاتولیک رقم زدند که اولین پاپ مستعفی پس از 700 سال خواهد بود. «یوزف آلویس راتزینگر»، گفته است به علت بیماری و ضعف جسمانی قادر نیست وظایفش را انجام دهد و از سمتش کنار خواهد رفت.

با آنکه بیماری و ضعف جسمانی توجیه قابل قبولی برای کناره‌گیری پاپ از سمتش به نظر می‌رسد چالش‌های مستمری که او طی این سالها با آنها دست و پنجه نرم کرده است را هم نمی‌توان در این تصمیم بی‌اثر دانست.